正确答案：裁判员应判进球有效。

答案解析：在比赛规则中，守门员在其罚球区内将球扔进对方球门是被允许的。根据国际足球协会理事会（FIFA）的规定，守门员可以通过扔球的方式将球传到对方球门。所以，裁判员应该判进球有效，选项B是正确答案。

选项A是错误的，因为规则允许守门员通过扔球得分。

选项C也是错误的，因为球门球是指当球最后一次被防守方球员触碰后，由进攻方在对方球门区内进行的一种开球方式。在这种情况下，球是由守门员扔进对方球门，而不是最后被防守方球员触碰，因此不符合球门球的定义。

所以，正确答案是B，裁判员应判进球有效。