正确答案：D、问题思维

答案解析：贯穿总体国家安全观思想方法包括系统思维、底线思维和创新思维。系统思维是指将问题看作一个整体，从整体的角度分析问题，关注问题之间的相互关系和影响。底线思维是指在处理安全问题时，要坚守国家安全的底线，不能超出国家安全的底线范围。创新思维是指在解决安全问题时，要勇于创新，寻找新的解决方法和思路。问题思维并不是贯穿总体国家安全观思想方法的一种思维方式，因为问题思维并没有具体的定义和解释，无法与其他思维方式进行对比和区分。