正确答案：铁路线和车站的布局，B，C，D

答案解析：在城市对外交通组织规划中，需要注意以下问题：

A. 铁路线和车站的布局：铁路线和车站的布局需要考虑城市的交通需求和发展规划，确保铁路线能够覆盖城市的主要交通枢纽和重要区域，车站的位置需要方便乘客的出行，并与其他交通方式进行衔接。

B. 主次干道的设置以及对外与过境公路交通组织：主次干道的设置需要考虑城市的交通流量和道路网络的连通性，确保交通畅通和便利。对外与过境公路交通组织需要考虑城市与周边地区的交通联系，确保交通流畅和便捷。

C. 立交及高架路设置：立交和高架路的设置可以提高道路通行能力和交通效率，减少交通拥堵。在规划中需要考虑立交和高架路的位置和数量，以及与其他道路的衔接和交通流量的控制。

D. 交通流量控制：交通流量控制是城市交通组织规划中的重要问题，通过合理的交通信号灯设置、交通管制措施等手段，可以平衡交通流量，减少交通拥堵和交通事故的发生。

城市对外交通组织规划中需要注意铁路线和车站的布局、主次干道的设置以及对外与过境公路交通组织、立交及高架路设置以及交通流量控制等问题。