正确答案：业务主管单位

答案解析：正确答案是B. 业务主管单位。

根据《境外非政府组织境内活动管理法》第十四条规定，境外非政府组织申请登记设立代表机构，应当经业务主管单位同意。业务主管单位是指与境外非政府组织的业务领域相对应的部门或者单位，例如教育、文化、卫生等领域的业务主管单位。

根据该法第十五条规定，国务院和省级人民政府公安机关会同有关部门负责公布境外非政府组织代表机构的名录。公安部和外交部也参与了境外非政府组织代表机构的登记和管理工作，但不是直接负责同意申请设立代表机构的机构。民政部作为国内非政府组织的管理机构，与境外非政府组织的登记和管理无直接关系。