正确答案：工商行政管理部门

答案解析：选择B.工商行政管理部门是因为食品商店销售的食品属于商品，而工商行政管理部门负责监督和管理商品的质量和销售行为。根据《中华人民共和国商品检验法》和《中华人民共和国食品安全法》，食品商店销售的食品必须符合相关的质量标准和食品安全要求。如果公民发现食品有质量问题，可以向工商行政管理部门投诉，由其进行调查和处理。工商行政管理部门有权对违法行为进行处罚，并保障消费者的合法权益。