正确答案：国家文物局

答案解析：国家文物局是全国重点文物保护单位文物保护工程的审批机关。这是因为国家文物局是负责全国范围内文物保护工作的主管部门，具有权威性和专业性。省级人民政府在地方范围内负责文物保护工作，但在全国范围内的重点文物保护单位文物保护工程的审批上，仍需由国家文物局进行统一审批。文化部在文化事务方面负责制定政策和法规，但并不直接负责文物保护工程的审批。国家文物局是最适合的审批机关。