正确答案：乙

答案解析：根据《中华人民共和国民法典》第二百二十八条的规定，在占有改定的情形下，尽管实物占有未发生变化，即出让方甲仍然占有该手机，但只要双方关于物权转让的合同成立且其中包含了占有改定条款，并且该条款已经生效，则动产物权从约定生效之时起就发生了转移。

题目中提到，甲与乙于2020年1月4日达成协议，将苹果手机的所有权转让给乙，并约定了占有改定，即虽由甲继续占有至2020年5月3日。所有权实际上是从约定生效之日起转移给了乙。故而在2020年4月3日这个时间点上，虽然手机还在甲的实际控制之下，但从法律意义上讲，这部手机的所有权应当属于乙所有。

所以正确答案是B.乙。