答案解析：中国六大古都中，位于黄河流域的有三个，它们是

1. 西安 - 古称长安，位于黄河最大支流渭河流域。

2. 洛阳 - 位于黄河下游，是中国历史上多个朝代的都城。

3. 开封 - 古称汴京，位于黄河下游，曾是北宋的都城。

其他三个古都并不位于黄河流域：

4. 南京 - 位于长江下游。

5. 杭州 - 位于长江下游的三角洲地区。

6. 北京 - 虽然靠近黄河，但并不位于黄河流域，而是位于海河流域。