答案解析：1996年9月，京九铁路全线投入运营。这条铁路是连接中国首都北京与南部广东省的重要铁路干线。京九铁路穿越了多个省份和直辖市，具体如下：

1.北京市：起点，中国首都，也是京九铁路的起始地。

2.天津市：直辖市，位于北京市东南方向。

3.河北省：位于北京市和天津市以南，是京九铁路穿越的第一个省份。

4.山东省：位于中国东部沿海，京九铁路在该省境内穿越多个城市。

5.河南省：位于中国中部地区，是京九铁路穿越的第三个省份。

6.安徽省：位于中国东部，京九铁路穿越该省的部分地区。

7.湖北省：位于中国中南部，是京九铁路经过的省份之一。

8.江西省：位于中国东南部，京九铁路穿越该省全境。

9.广东省：终点，位于中国南部沿海，是京九铁路的终点地。

京九铁路共穿越了9个省直辖市，包括北京市、天津市、河北省、山东省、河南省、安徽省、湖北省、江西省和广东省。给出的答案是正确的，即京九铁路穿越了9个省直辖市。