答案解析：1999年10月1日，中华人民共和国成立50周年阅兵式上，由99式主战坦克组成的方阵威武驶过天安门广场，接受了党和人民的检阅。

答案A、99式：正确。99式主战坦克是我国陆军新一代主战坦克，代表了中国坦克制造业的最高水平。作为第三代坦克，99式主战坦克在火力、机动性和防护力等方面都取得了显著提升，明显优于其他主战坦克。在1999年的阅兵式上，99式主战坦克的亮相充分展示了中国国防现代化建设的成果。

答案B、54式手枪：错误。54式手枪是我国的一种军用半自动手枪，与主战坦克无关。在阅兵式上，主战坦克方阵不可能由手枪组成。

正确答案是A、99式。