答案解析：根据《国务院办公厅关于印发降低社会保险费率综合方案的通知》，建立工作协调机制，并负责统筹协调降低社保费率和社保费征收体制改革相关工作的主体是：

A.国务院

这一通知中，规定的建立工作协调机制的层级和职责范围属于国家层面，需要由最高行政机关——国务院来建立。这是因为降低社会保险费率以及社保费征收体制改革是涉及全国范围的政策调整，需要国务院这样的中央政府机构来进行宏观调控和统筹规划，确保政策在全国范围内得到有效实施和协调一致。其他选项，如各省人民政府、国家税务总局和人社部，虽然在政策执行中扮演重要角色，但它们的职责范围主要是执行和落实国务院制定的政策，而不具备全国层面的统筹协调职能。正确答案是A，即国务院。