正确答案：A

答案解析：基因工程操作中，保持无菌环境是非常重要的，因为即使是少量的杂酶或其他污染物都可能对实验结果产生重大影响。对所有塑料器具进行灭菌是必要的，以确保实验的准确性。

Eppendorf管和tip等塑料器具不能直接在高压灭菌锅中进行灭菌，因为它们可能会变形或损坏。的做法是将它们装入专用的灭菌盒或瓶子中，然后进行灭菌。这样可以保护器具不受损坏，同时确保它们在灭菌过程中能够被彻底消毒。

在装盒或装瓶过程中，使用镊子或一次性手套可以避免直接用手接触器具，从而减少杂酶或其他污染物污染器具的风险。手上的细菌、油脂和其他物质都可能对实验产生干扰，因此必须采取措施来防止它们污染实验材料。

基因工程操作中使用的一切塑料器具在灭菌前进行包装，并使用无菌工具进行操作是正确的做法，以确保实验的准确性和重复性。