正确答案：A

答案解析：清朝康熙帝两次组织雅克萨自卫反击战的主要意义是捍卫了边疆，维护了领土主权的完整。这两次战役是对沙俄侵略行为的坚决反击，成功地驱逐了沙俄对我国东北地区的侵占，巩固了清朝对东北边疆的控制，同时也向世界展示了中国的军事实力和维护国家主权的决心。通过这两次战役，中俄两国最终签订了《尼布楚条约》，划定了两国东段边界，但需要注意的是，选项D表述不够准确，因为《尼布楚条约》的签订才算是解决了中俄东段边界问题，而不仅仅是自卫反击战的成果。