正确答案：D、国家安全机关

答案解析：根据题目描述，甲将潜艇部署情况提供给外国军事杂志，这涉及到国家安全的问题。执行对甲取保候审的机关应该是国家安全机关。国家安全机关负责维护国家安全，包括处理涉及国家安全的案件和情报工作。在这种情况下，国家安全机关会负责对甲进行取保候审的执行工作。其他选项如法院、公安机关和军队保卫部门在一般情况下可能会参与到案件的处理中，但在这个具体的情况下，国家安全机关是最合适的执行机关。