正确答案：到土地管理部门申请土地使用权变更登记,并更换土地使用证

答案解析：根据《中华人民共和国民法典》的规定，建设用地使用权随着地上建筑物、构筑物及其附属设施的所有权一并处分（即房地一体原则）。当甲企业将其房屋转让给乙企业时，该房屋占用范围内的土地使用权也应当随之转移。

在实现土地使用权合法有效转移的过程中，正确的做法是：

D.到土地管理部门申请土地使用权变更登记，并更换土地使用证。

只有经过法定程序在相关部门完成产权过户和土地使用权变更登记手续后，这种权利变动才能得到法律的充分保障和认可。