正确答案：A

答案解析：在手动操作数控铣床时，为了确保不会超程或撞到机床的其它设施，最关键的是要检查刀具的位置。这是因为刀具的位置直接决定了铣削加工的轨迹，如果不清楚刀具的具体位置，就很容易发生超程或碰撞事故。

选项B（主轴转速）主要影响加工的速度和表面粗糙度，与防止超程或碰撞关系不大。选项C（夹具位置）和选项D（参数设置）也是重要的安全检查项目，但它们更多的是在编程和自动加工时需要考虑的因素。在手动操作时，最关键的还是实时监控刀具的位置。

正确答案是A：刀具的位置。